Bioinformatics Toolbox 3.5

製品紹介

• 概要と主な機能
• ファイルフォーマットとデータベースへのアクセス
• 配列のアライメント
• マイクロアレーデータ解析および可視化
• マススペクトロメトリおよび統計的学習法
• MATLAB を利用した、アルゴリズムの共有とアプリケーションの展開

配列のアライメント

Bioinformatics Toolbox™ は、ペアワイズ配列や配列プロファイルのアラインメントを行う解析手法の包括的な機能を提供しています。以下が含まれます。

配列のユーティリティと統計量

データをより詳しく調べるために、配列を操作したり、解析したりすることができます。Bioinformatics Toolbox™ ルーチンにより、次のことが可能です。

• DNA や RNA 配列をゲノムコードを使って、アミノ酸配列に変換
• 配列に関する統計解析や配列内に存在する固有のパターンの探索
• 制限酵素やプロテアーゼ（たんぱく質分解酵素）を使って、in-silico な配列操作を行ったり、テスト用にランダムな配列を作成

系統樹解析

Bioinformatics Toolbox™ により、系統樹の作成や修正を行うことが可能です。Jukes-Cantor、p-distance、alignment-score、あるいはユーザ定義の距離を用いた手法などの幅広い領域の類似度メトリクスや用いて、非配列ヌクレチオドあるいはアミノ酸組成のペアワイズ差異を計算することができます。系統樹は、単一で完全なリンケージおよびUPGMAを含む様々な手法の階層的リンケージを用いて構成されます。GUIにより、分枝の削除・再構成・名前の変更、距離の探索、Newick 形式ファイルの読み込み・書き込みが可能です。また、プレゼンテーションレベルのツリーを作成するために MATLAB の注釈ツールを利用することができます。

系統樹ツールにより、非配列ヌクレチオドあるいはアミノ酸組成のペアワイズ差異を計算することができます。 画像をクリックすると拡大します。

 

タンパク質の解析

Bioinformatics Toolbox™ は、ペプチド列の性質を計算するルーチン（原子組成や分子量を計算するルーチン）と共に、いくつかのタンパク質の解析手法を用意しています。また、タンパク質配列のアミノ酸組成を決定したり、酵素を使ってタンパク質を分割したり、PDBデータの Ramachandran プロットを作成することができます。GUIを使って、ユーザの配列の長さ方向に沿って属性を可視化することも可能です。